La Chiesa di San Bonaventura è generalmente nota come Chiesa dell'Ospedale, in quanto legata al complesso architettonico del vecchio ospedale sorto  sull'area dell'ex Convento dei Padri Riformati (risalente agli inizi del 1600), in "Stradona detta le Fosse" nei primi decenni del 1800. Il primo trasferimento dalla precedente sede dell'ospedale cittadino situato nell'ex Convento di San Francesco, ora sede museale, avvenne  del 1831. La facciata attuale antistante il Viale delle Fosse, così come la Chiesa di San Bonaventura che ne conclude il profilo a nord, hanno assunto l'aspetto attuale in seguito ai lavori di restauro e modifica condotti a cominciare dal 1847.

Il recente trasferimento dell'ospedale alla nuova sede di Via dei Lotti, iniziato nel 1993, si è concluso con il trasloco degli ultimi servizi nel 1998.

Nel 2005 il Comune di Bassano del Grappa ha concluso l'iter si acquisizione di tutta l'area dell'ex ospedale dall'Azienda Ulss n. 3 ed è ora in corso un serrato dibattito sul futuro urbanistico e architettonico dell'area. Un'area strategica situata all'interno del centro storico della città e il cui destino  non può quindi che determinare anche il futuro assetto della città del Grappa.

Attualmente dal 2010 è utilizzata come teatro.